Para saber si tus conversaciones se guardan en un historial de conversaciones ya sea del mismo Windows Live Messenger, MSN Messenger o del Messenger Pus! verifica si esta activado la opción:

En MSN Messenger o Windows Live Messenger

1) Ve a "Herramientas" - "Opciones", luego te aparecera una ventana y en el lado izquierdo selecciona "Mensajes".

2)Si esta marcado la opción "Guardar automáticamente un historial de mis conversaciones", significa que lo esta guardando en la ruta que se encuentra más abajo que dice "Guardar mis conversaciones en esta carpeta"

Con el Messenger Plus!

1) Ve al menu "Plus!" - "Preferencias".

2) Ahora en las opciones de arriba selecciona "Conversaciones"

3) Luego en la parte de la izquierda selecciona "Historial"

4) Si esta activado la opción "Activar el registro de conversaciones por defecto", estara guardando los historiales en la carpeta "Guardar registros en"

Si no quieres que se siga grabando:
Desactivalo solamente y borra los archivos que se encuentran en las carpetas antes mencionadas.